Hun Sen sinh ra ở Kampong Cham với tên khai sinh Hun Buny, là con thứ ba trong sáu người con trong một gia đình tử tế. Cha của ông, Hun Neang, là một nhà sư thường trú tại địa phương Wat ở tỉnh Kampong Cham trước khi tham gia kháng chiến chống Pháp và kết hôn với mẹ của Hun Sen, Dee Yon, vào những năm 1940. Ông bà nội của Hun Neang là những chủ đất giàu có người Triều Châu Trung Quốc.[11][12] Hun Neang được thừa hưởng một số tài sản của gia đình, bao gồm vài hecta đất, và có một cuộc sống tương đối thoải mái cho đến khi một vụ bắt cóc đã buộc gia đình phải bán hết tài sản.[13] Hun Nal rời gia đình năm 13 tuổi để theo học một trường tu ở Phnôm Pênh. Khi Lon Nol lật đổ Sihanouk vào năm 1970, ông đã bỏ học để gia nhập Khmer Đỏ.[14] Hai năm sau, Hun Nal đổi tên thành Hun Sen.